Im nachfolgenden Verarbeitungsprozess werden die Kaffeekirschen entweder nass oder trocken aufbereitet. Bei der Nassaufbereitung werden die Kaffeekirschen zuerst entpulpt (geschält), wobei ein mechanischer Entpulper das Fruchtfleisch von den Bohnen trennt. Anschließend werden die Bohnen fermentiert, um die restliche Schleimschicht (Mucilage) abzubauen. Dies geschieht durch mikrobielle Fermentation unter kontrollierten Bedingungen.